Chemistries

List of all chemistries included in the growth coupling design database.

amn1

R + glu__L_c → R-aminated + akg_c

Transaminase
1.4.1.13, 1.4.1.14, 1.4.1.2, 1.4.1.4, 1.4.3.11, 2.6.1.1, 2.6.1.102, 2.6.1.103, 2.6.1.104, 2.6.1.107, 2.6.1.11, 2.6.1.111, 2.6.1.120, 2.6.1.122, 2.6.1.17, 2.6.1.19, 2.6.1.2, 2.6.1.27, 2.6.1.3, 2.6.1.33, 2.6.1.34, 2.6.1.36, 2.6.1.38, 2.6.1.39, 2.6.1.4, 2.6.1.42, 2.6.1.48, 2.6.1.5, 2.6.1.52, 2.6.1.55, 2.6.1.59, 2.6.1.6, 2.6.1.72, 2.6.1.76, 2.6.1.79, 2.6.1.8, 2.6.1.81, 2.6.1.82, 2.6.1.83, 2.6.1.87, 2.6.1.89, 2.6.1.9, 2.6.1.90, 2.6.1.92, 2.6.1.93, 2.6.1.98, 4.2.1.168
amn1_rev

R-aminated + akg_c → R + glu__L_c

Transaminase
1.4.1.13, 1.4.1.14, 1.4.1.2, 1.4.1.4, 1.4.3.11, 2.6.1.1, 2.6.1.102, 2.6.1.11, 2.6.1.111, 2.6.1.120, 2.6.1.17, 2.6.1.19, 2.6.1.2, 2.6.1.27, 2.6.1.3, 2.6.1.33, 2.6.1.36, 2.6.1.38, 2.6.1.39, 2.6.1.4, 2.6.1.42, 2.6.1.48, 2.6.1.49, 2.6.1.5, 2.6.1.52, 2.6.1.55, 2.6.1.59, 2.6.1.6, 2.6.1.7, 2.6.1.76, 2.6.1.79, 2.6.1.8, 2.6.1.80, 2.6.1.81, 2.6.1.82, 2.6.1.83, 2.6.1.87, 2.6.1.9, 4.2.1.168
amn3

R + ala__L_c → R-aminated3 + pyr_c

Transaminase
1.4.1.1, 2.6.1.108, 2.6.1.115, 2.6.1.119, 2.6.1.12, 2.6.1.15, 2.6.1.18, 2.6.1.2, 2.6.1.30, 2.6.1.37, 2.6.1.40, 2.6.1.41, 2.6.1.43, 2.6.1.44, 2.6.1.46, 2.6.1.51, 2.6.1.58, 2.6.1.66, 2.6.1.71, 2.6.1.77, 2.6.1.96, 2.6.1.99
amn3_rev

R-aminated3 + pyr_c → R + ala__L_c

Transaminase
1.4.1.1, 2.6.1.15, 2.6.1.18, 2.6.1.2, 2.6.1.30, 2.6.1.37, 2.6.1.41, 2.6.1.43, 2.6.1.44, 2.6.1.46, 2.6.1.51, 2.6.1.58, 2.6.1.66, 2.6.1.71, 2.6.1.77, 2.6.1.96, 2.6.1.99
amn4

R + gly_c → R-aminated4 + glx_c

Transaminase
1.4.1.10, 1.4.3.19, 2.6.1.112, 2.6.1.35, 2.6.1.4, 2.6.1.44, 2.6.1.45, 2.6.1.73, 2.6.1.96
amn4_rev

R-aminated4 + glx_c → R + gly_c

Transaminase
1.4.1.10, 1.4.3.19, 2.6.1.112, 2.6.1.35, 2.6.1.4, 2.6.1.44, 2.6.1.45, 2.6.1.63, 2.6.1.73, 2.6.1.96
hdg3

R + lac__D_c → R-H2 + pyr_c

Dehydrogenases
1.1.1.28
hdg4

R + trdrd_c → R-H2 + trdox_c

Reductases
1.20.4.4, 1.21.4.3, 1.21.4.4, 1.8.1.9, 1.8.4.11, 1.8.4.8
mth1

R + amet_c → R-methylated + ahcys_c

Methyltransferases
2.1.1.1, 2.1.1.103, 2.1.1.106, 2.1.1.107, 2.1.1.11, 2.1.1.111, 2.1.1.12, 2.1.1.129, 2.1.1.130, 2.1.1.131, 2.1.1.132, 2.1.1.133, 2.1.1.144, 2.1.1.145, 2.1.1.146, 2.1.1.15, 2.1.1.151, 2.1.1.152, 2.1.1.154, 2.1.1.156, 2.1.1.157, 2.1.1.158, 2.1.1.159, 2.1.1.160, 2.1.1.161, 2.1.1.162, 2.1.1.164, 2.1.1.17, 2.1.1.197, 2.1.1.2, 2.1.1.20, 2.1.1.22, 2.1.1.235, 2.1.1.236, 2.1.1.240, 2.1.1.243, 2.1.1.25, 2.1.1.255, 2.1.1.261, 2.1.1.262, 2.1.1.263, 2.1.1.27, 2.1.1.273, 2.1.1.274, 2.1.1.277, 2.1.1.278, 2.1.1.279, 2.1.1.281, 2.1.1.295, 2.1.1.302, 2.1.1.304, 2.1.1.331, 2.1.1.332, 2.1.1.334, 2.1.1.344, 2.1.1.347, 2.1.1.363, 2.1.1.380, 2.1.1.381, 2.1.1.39, 2.1.1.40, 2.1.1.44, 2.1.1.47, 2.1.1.53, 2.1.1.68, 2.1.1.7, 2.1.1.71, 2.1.1.8, 2.1.1.95, 2.1.1.96, 2.1.1.97, 2.3.1.161, 2.3.1.244, 6.3.2.40
mth2

5mthf_c + R → R-methylated2 + thf_c

Methyltransferases
2.1.1.19, 2.1.1.269, 2.1.1.341
mth4

mlthf_c + R → R-methylated4 + dhf_c

Methyltransferases
2.1.1.45, 2.1.1.54
mth5

R + amet_c → met__L_c + dad_5_c + R-methylated5

Methyltransferases
1.1.99.38, 1.21.98.3, 1.3.98.3, 1.3.98.6, 2.5.1.147, 4.1.99.17, 4.3.1.32