3.1 Structure of the output directory

The results of the pipeline run will be saved in results/nfcore_rnaseq_processing_subsampled. The top-level folder structure is as follows:

.
├── bowtie2_salmon
├── fastqc
├── fq_lint
├── multiqc
├── pipeline_info
└── trimgalore

The detailed structure of the output directory:

.
├── bowtie2_salmon
│   ├── control_1
│   │   ├── aux_info
│   │   ├── cmd_info.json
│   │   ├── libParams
│   │   ├── logs
│   │   ├── quant.genes.sf
│   │   └── quant.sf
│   ├── control_1.markdup.sorted.bam
│   ├── control_1.markdup.sorted.bam.bai
│   ├── deseq2_qc
│   │   ├── deseq2.dds.RData
│   │   ├── deseq2.pca.vals.txt
│   │   ├── deseq2.plots.pdf
│   │   ├── deseq2.sample.dists.txt
│   │   ├── R_sessionInfo.log
│   │   └── size_factors
│   ├── log
│   │   ├── control_1.bowtie2.log
│   │   └── saccharin_1.bowtie2.log
│   ├── picard_metrics
│   │   ├── control_1.markdup.sorted.MarkDuplicates.metrics.txt
│   │   └── saccharin_1.markdup.sorted.MarkDuplicates.metrics.txt
│   ├── saccharin_1
│   │   ├── aux_info
│   │   ├── cmd_info.json
│   │   ├── libParams
│   │   ├── logs
│   │   ├── quant.genes.sf
│   │   └── quant.sf
│   ├── saccharin_1.markdup.sorted.bam
│   ├── saccharin_1.markdup.sorted.bam.bai
│   ├── salmon.merged.gene_counts_length_scaled.tsv
│   ├── salmon.merged.gene_counts_scaled.tsv
│   ├── salmon.merged.gene_counts.tsv
│   ├── salmon.merged.gene_lengths.tsv
│   ├── salmon.merged.gene.SummarizedExperiment.rds
│   ├── salmon.merged.gene_tpm.tsv
│   ├── salmon.merged.transcript_counts.tsv
│   ├── salmon.merged.transcript_lengths.tsv
│   ├── salmon.merged.transcript.SummarizedExperiment.rds
│   ├── salmon.merged.transcript_tpm.tsv
│   ├── salmon.merged.tx2gene.tsv
│   ├── samtools_stats
│   │   ├── control_1.markdup.sorted.bam.flagstat
│   │   ├── control_1.markdup.sorted.bam.idxstats
│   │   ├── control_1.markdup.sorted.bam.stats
│   │   ├── control_1.sorted.bam.flagstat
│   │   ├── control_1.sorted.bam.idxstats
│   │   ├── control_1.sorted.bam.stats
│   │   ├── saccharin_1.markdup.sorted.bam.flagstat
│   │   ├── saccharin_1.markdup.sorted.bam.idxstats
│   │   ├── saccharin_1.markdup.sorted.bam.stats
│   │   ├── saccharin_1.sorted.bam.flagstat
│   │   ├── saccharin_1.sorted.bam.idxstats
│   │   └── saccharin_1.sorted.bam.stats
│   └── stringtie
│       ├── control_1.ballgown
│       ├── control_1.coverage.gtf
│       ├── control_1.gene.abundance.txt
│       ├── control_1.transcripts.gtf
│       ├── saccharin_1.ballgown
│       ├── saccharin_1.coverage.gtf
│       ├── saccharin_1.gene.abundance.txt
│       └── saccharin_1.transcripts.gtf
├── fastqc
│   ├── raw
│   │   ├── control_1_raw_1_fastqc.html
│   │   ├── control_1_raw_1_fastqc.zip
│   │   ├── control_1_raw_2_fastqc.html
│   │   ├── control_1_raw_2_fastqc.zip
│   │   ├── saccharin_1_raw_1_fastqc.html
│   │   ├── saccharin_1_raw_1_fastqc.zip
│   │   ├── saccharin_1_raw_2_fastqc.html
│   │   └── saccharin_1_raw_2_fastqc.zip
│   └── trim
│       ├── control_1_trimmed_1_val_1_fastqc.html
│       ├── control_1_trimmed_1_val_1_fastqc.zip
│       ├── control_1_trimmed_2_val_2_fastqc.html
│       ├── control_1_trimmed_2_val_2_fastqc.zip
│       ├── saccharin_1_trimmed_1_val_1_fastqc.html
│       ├── saccharin_1_trimmed_1_val_1_fastqc.zip
│       ├── saccharin_1_trimmed_2_val_2_fastqc.html
│       └── saccharin_1_trimmed_2_val_2_fastqc.zip
├── fq_lint
│   ├── raw
│   │   ├── control_1.fq_lint.txt
│   │   └── saccharin_1.fq_lint.txt
│   └── trimmed
│       ├── control_1.fq_lint.txt
│       └── saccharin_1.fq_lint.txt
├── multiqc
│   └── bowtie2_salmon
│       ├── multiqc_report_data
│       ├── multiqc_report.html
│       └── multiqc_report_plots
├── pipeline_info
│   ├── execution_report_2026-05-15_15-41-45.html
│   ├── execution_timeline_2026-05-15_15-41-45.html
│   ├── execution_trace_2026-05-15_15-41-45.txt
│   ├── nf_core_rnaseq_software_mqc_versions.yml
│   ├── params_2026-05-15_15-42-05.json
│   └── pipeline_dag_2026-05-15_15-41-45.html
└── trimgalore
    ├── control_1_trimmed_1.fastq.gz_trimming_report.txt
    ├── control_1_trimmed_2.fastq.gz_trimming_report.txt
    ├── saccharin_1_trimmed_1.fastq.gz_trimming_report.txt
    └── saccharin_1_trimmed_2.fastq.gz_trimming_report.txt